Beşiktaş'ın açıklamasının üzerinden kısa bir süre geçtikten sonra İsmail Köybaşı, Fenerbahçe ile anlaştı.NTV Spor'un haberine göre Beşiktaş'a 2009 yılında Gaziantepspor'dan transfer olan, siyah-beyazlı forma altında 6 sezonda 2 şampiyonluk yaşayan, geçen sezon teknik direktör Şenol Güneş'in önemli isimlerinden biri olan ve 27 lig maçında forma giyen oyuncuyu,Fenerbahçe'nin 1-2 gün içinde resmi olarak açıklaması bekleniyor. UEFA ile yaptığı anlaşma doğrultusunda mali konulara dikkat eden Fenerbahçe yönetimi, serbest oyuncu konumundaki İsmail Köybaşı için bonservis bedeli ödemeyecek.Beşiktaş ayrılığı resmileştirdiBeşiktaş, sözleşmesi biten İsmail Köybaşı'yla yolları ayırdı. Siyah-Beyazlılar, resmi internet sitesinden kararı duyururken, "21 Temmuz 2009'dan bu yana Beşiktaşımızın oyuncusu olan İsmail Köybaşı'nın, 31 Mayıs 2016 tarihi itibariyle kulübümüzle olan sözleşmesi sona ermiştir. Kendisine Beşiktaşımıza verdiği hizmetlerden dolayı teşekkür eder; bundan sonraki kariyerinde başarılar dileriz." denildi.