HDP'den Van milletvekili olduğu dönemde kentte işlediği iddia edilen suçlarla ilgili TBBM'ye sunulmak üzere Adalet Bakanlığına gönderilen fezleke dosyaları, Ertan'ın, belediye başkanı seçildikten sonra dokunulmazlığının kalkmasıyla Van Cumhuriyet Başsavcılığına ulaştırıldı. Başsavcılık, dokunulmazlığı sona eren Ertan'ın, çeşitli tarihlerde Van'da katıldığı etkinlik ve programlarda söylediği sözler ve dağıttığı bildirilerle ilgili yürüttüğü soruşturmaları tamamladı. Düzenlenen 2 iddianamede, Ertan'ın terör örgütünün propagandasını yaptığı, etkisiz hale getirilen teröristleri yücelttiği belirtilerek, "terör örgütü propagandası yapmak", "2911 sayılı kanuna muhalefet" ile "suçu ve suçluyu övme" suçlarından 15 yıla kadar hapisle cezalandırılması talep edildi. Ertan'ın, eski Van Büyükşehir Belediye Başkanı Bekir Kaya'nın, hakkında yürütülen terör soruşturması kapsamında gözaltına alınmasını protesto etmek amacıyla 17 Kasım 2016'da 300 kişiyle belediye binası önünde toplandığı belirtilen iddianamede, şüphelinin "Kürdistan faşizme mezar olacak" şeklinde sözler kullanarak terör örgütünün propagandasını yaptığı aktarıldı. Ayrıca Van Valiliğinin 10 Kasım 2016'daki yasaklama kararına rağmen Ertan'ın, düzenlenen izinsiz yürüyüşe katılarak basın açıklaması yapmaya çalıştığı bildirilen iddianamede, şüphelinin 2911 sayılı kanuna muhalefet ettiği vurgulandı. İddianamede, toplanan deliller kapsamında, Ertan'ın kanuna aykırı gösteri ve yürüyüş düzenleme, yönetme ve hareketlere katılma suçunu işlediği kaydedildi. Şüphelinin kullandığı sözlerin Yargıtayın ilgili ceza dairelerinin kararlarında suç olarak kabul edildiğine yer verilen iddianamede, şu değerlendirmelerde bulunuldu: "Ertan'ın 'Terör örgütü propagandası yapmak' suçu niteliğindeki sözleriyle, fikir ve eylem birliği içinde olaylara müdahil olduğu, güvenlik güçlerinin uyarılarına rağmen yürüyüş ve basın açıklaması yapmakta ısrar ettiği anlaşılmıştır. Şüphelinin sözleri ifade özgürlüğü kapsamında değerlendirilmediği, Valiliğin yasaklama kararına rağmen basın açıklaması yapmakta ısrar ettiği, bu nedenle atılı suçları işlediği anlaşıldığından, ilgili sevk maddeler uyarınca cezalandırılması talep olunur." PKK'lı teröristleri yüceltmiş İddianamede, 2 Mart 2017'de HDP il başkanlığınca "Anayasa değişikliğine ilişkin halk oylaması" öncesinde Ertan ile beraberindeki 50 kişinin kent merkezinde bildiri dağıttığı belirtildi. Bildirilerde yer alan, "Ekin Van şahsında kadın bedeninin teşhir edilmesine, Remziye Bor şahsında kadın katliamına dur demek için hayır diyoruz" şeklindeki sözler üzerine soruşturma başlatıldığı aktarılan iddianamede, şöyle denildi: "Bildiride adı geçen 'Ekin Van'ın 10 Ağustos 2015'te Muş'un Varto ilçesinde güvenlik güçlerince etkisiz hale getirilen terörist Kevser Altürk, Remziye Bor'un da 19 Nisan 2016'da Van'ın İpekyolu ilçesine bağlı Hacıbekir Mahallesi'nde terör örgütü PKK/KCK'ya yönelik operasyonda yaralanan ve tedavi gördüğü hastanede ölen terörist olduğu belirlenmiştir. Ertan'ın suç tarihinde dağıttığı bildirilerin değerlendirmesinde içeriklerinin bölücü terör örgütü mensuplarının yüceltildiği anlaşılmıştır."